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电脑如何打开vcf格式的文件怎么打开

1、浏览器搜索并安装vcf通讯录编辑器。

2、打开下载好的vcf通讯录编辑器，点击左上角的文件，点击打开。

3、选择需要打开的通讯录文件，点击确定。可能现在看到的vcf文件是乱码，

4、再点击文件，选择文件以明码另存通讯为。

5、选择需要保存路径，点击确定。之后再打开vcf文件就可以正常查看。

生物数据格式 - vcf/bcf

VCF是Variant Call Format的简称，该格式文件是专门用于存储基因序列突变信息的一种文本文件，包括单碱基突变SNV、单核苷酸多态性SNP、InDel、拷贝数变异CNV和结构变异SV等，文件可以采取editplus或pilotedit(建议)打开查看，其二进制存储格式是BCF。vcf文件后续可以用于多种分析，包括但不限于：进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等。vcf文件格式如下：

VCF文件开头是整体的注释信息，以##作为起始，其后接FILTER、INFO、FORMAT等，其中##FILTER开头的行是vcf主体record中第七列缩写词的说明、##INFO开头的行注释vcf主体record中第8列的缩写字母、##FORMAT开头的行注释第九列的缩写字母。

在header之后，vcf主体的每一行是一条record，固定列有9列，以及在之后的第十列，它们分别是：

第一列：#CHROM，染色体号

第二列：POS，在染色体上的位置

第三列：ID，突变名称，一般只有人类才有dbSNP编号，以rs开头

第四列：REF，参考基因组碱基类型，必须大写

第五列：ALT，变异碱基类型，大写，多个以逗号分隔，‘.'表示缺失

第六列：QUAL，变异检测质量值，越高越可靠

第七列：FILTER，标记过滤结果的列：通过质控过滤标准的标记为‘PASS’，后续可用其他工具进行挑选过滤

第八列：INFO，附加信息列，附加信息的注释在header的##INFO中

第九列：FORMAT，后面信息的说明列

第十列开始为样品信息：GT=genotype、AD=碱基支持数量、DP=测序深度总和、PL=归一化后基因型的可能性、GQ=PL判读的基因型的质量值，其中当第二小的值小于99时，有必要怀疑基因型的可靠性。

vcf文件基本由bam文件生成，当得到排序并建立索引的bam文件后，可以使用多种工具例如bcftools、gatk、freebayes、lumpy、delly、varscan2等处理得到。

处理vcf格式文件的软件有许多种，包括：bcftools、vcftools、gatk、python_pyvcf、plink等。

———以上属个人理解与记录

vcf文件怎么打开

vcf文件怎么打开

关于VCF文件怎么打开的问题，VCF格式是Windows系统中outlook的名片存储格式，打开VCF格式需要使用各手机的配套软件，用outlook也可以打开VCF文件。但是问题是要么乱码，要么outlook只能导入第一个号码。

1、运行VCF通讯录编辑器软件，单击“文件”菜单中的“打开”命令。

2、弹出“打开通讯录文件”的对话框，在左侧文件夹列表中浏览到要打开通讯录文件的位置，选中后单击“确定”按钮。

3、接着再单击“文件”菜单中的“以明码另存通讯录为”。

4、弹出“另存通讯录文件为”对话框，选择要保存通讯录文件的位置，单击“确定”按钮。

注：3、4步是解决乱码问题。

通讯簿

1、单击“开始”，单击“所有程序”，单击“附件”，单击“通讯簿”。

2、单击菜单栏的“文件”，弹出的菜单指向“导入”，在下一级菜单单击“名片”。

3、找到通讯录文件，选中并单击“打开”按钮。

Microsoft Office Outlook 2003

1、单击“开始”，单击“所有程序”，单击“Microsoft Office”，单击“Microsoft Office Outlook 2003”。

2、单击菜单栏的'“文件”，打开的下拉菜单单击“导入和导出”命令。

3、打开“导入和导出向导”对话框，在请选择要执行的操作列表框中选中“导入 VCARD 文件(.vcf)”，单击“下一步”按钮。

4、在“VCard文件”对话框浏览到存储通讯录文件的位置，选中后单击右下角的“打开”按钮或直接双击打开。

5、单击“转到”菜单中的“联系人”命令。

6、这样也达到打开通讯录文件的目的，当然也可以双击联系人框中的任意一个信息框来打开更为详细联系人界面。

什么是VCF？

什么是VCF文件：全称“The variant call format”，变体调用格式，是一种用于存储DNA多态性数据如snp、插入、删除和结构变体和丰富注释的通用格式。

什么是VCFtools：VCFtools是一个软件套件，它实现了处理VCF文件的各种工具，包括验证、合并、比较，还提供了一个通用的Perl API。

VCF格式：由标题部分（header）和数据部分（Body）组成。标头包含任意数量的元信息行，每一行都以字符' ## '开头，用TAB键分隔开的字段定义行（field definition line）以单个' # '字符开头。元信息头行提供了数据部分中使用的标记和注释的标准化描述。

字段定义行（field definition line）强制有八个列，相应的数据列代表

染色体 chromosome (CHROM)；

基于1的位置开始的变体 a 1-based position of the start of the variant (POS)；

变体的惟一标识符 unique identifiers of the variant (ID)；

参考等位基因 the reference allele(REF)；

替代非引用等位基因的逗号分隔列表  a comma separated list of alternate non-reference alleles(ALT)；

phred-scaled质量分数  a phred-scaled quality score(QUAL)；

网站过滤信息site filtering information (FILTER)；

一个额外的分号分隔的列表和用户可扩展的注释 a semicolon separated list of additional, user extensible annotation (INFO)。

GT，genotype，基因型，将等位基因编码为数字:0表示参考等位基因，1表示ALT列中列出的第一个等位基因，2表示ALT列中列出的第二个等位基因，以此类推。等位基因的数量表明样本的倍性，而分隔符表明相对于其他数据线，等位基因是阶段性的(' | ')还是非阶段性的(' / ')。

PS, phase set，表明具有相同PS值的基因型等位基因排列顺序相同。

DP，读取深度。

GL，genotype likelihoods，给定REF和ALT字段中定义的等位基因集，所有可能的基因型的基因型可能性。

GQ, genotype quality，在位点变异的情况下，基因型调用错误的概率。

vcf格式怎么变成arp

1、vcf格式转换为arp格式需要用到excel表格辅助，首先打开excel表格。

2、点击“数据”栏下的“自文本”选项。

3、找到需要转换的“vcf”格式文件。

4、打开vcf格式文件后点击保存按钮，在弹出的页面将文件格式设置为“arp”即可成功转换。